河流水系的生态修复主要包括各类污染的人工或天然湖泊。

 城镇中的小型河道，包括开放式和封闭式湖泊河道。开放式湖泊河道虽然对湖泊河道周围进行了截污，但还是会受到上游来水，周边雨水排放和河道底部泥物的影响。封闭式河道通常位于河道的盲端，截污后情况相对稳定。

处理方案的选择：

 底泥疏浚、河道抱起、生态浮床、生态基人工水草，以沉水植物为主的生态水处理系统、微生菌体等，在截污不充分的情况下可采用人工湿地或净化设备辅助净化。